表面微生物的采樣方法可分為：


1.  接觸式采樣，這種采樣方法適用于平滑表面，采用接觸皿，或其它裝在適當容器中的培養基與采樣表面接觸采樣。

2.   間接式采樣，適用于大面積，不規則表面或接觸裝置無法使用的凹面，采用經過滅菌的棉簽，對采用表面擦拭采樣。